战时儿童保院的首要工作，不仅是养活难童，更要给他们以教育，使每个孩子都能成为战后国家重建的有用之才。所以当时实行"机关家庭化，行政科学化，教育社会化、生活化"的管理方法。
因为孩子们来自不同的家庭，受教育程度也是参差不齐的，保育院一是实行分班制，通常先对保育生进行文化水平测试，然后编入不同的班级。7岁以下幼儿入幼稚班；7岁以上依照普通小学学制，依照教育部颁布的小学四二制办法施教。并依照"保教合一"、"有教无类"、"因人施教"的方针，制定了《教育实施大纲》，并编印了统一教材--《抗战建国读本》。保育委员会主任曹孟君主持制定了"教导实施大纲"，其中提出"对儿童施行争取民族之独立自由,启发儿童爱国思想与发扬民族精神之教育"。因此，各保育院对保育生在讲述祖国历史,宣传当前抗战形势,教唱抗战歌曲,组织参加抗日救亡活动，对孩子们进行爱国主义教育。
二是坚持手脑并用。各地保育院都设有小规模的农场和工厂，儿童分别参加农事、畜牧、纺织、缝纫、竹木藤工艺、装订印刷，以及运输等等工作，大部分能做到蔬菜自给、衣服鞋袜自制、簿册自行制订，并藉劳作生产以改善儿童自己的生活。
三是坚持分类管理。不少难童在流浪中形成孤僻、暴躁性格,心理抑郁,行为散漫、顽劣等,而对这样的"问题儿童",各保育院的院长老师花了许多心血,在工作实践中摸索总结出行之有效的教育方法。直三院院长赵君陶就总结出九条"实施办法":1.示范;2.暗示;3.赞扬奖励; 4.不当众责备;5.尊重儿童能力;6.预防和减少犯过的机会;7.避免偷窃,事先调查给以适当满足;8.反省;9.情感的联络。
四是执行推荐制度。保育生在保育院完成小学教育后,根据保育总会与教育部商定的办法, "经过考试,成绩好的准许升入指定的国立中学,师范学校或各种职业学校。成绩比较差的就送他们到各工厂去习艺"。保育生可以升入的国立中学包括:川境内的国立二中、六中、八中、九中、十二中、十五中、十六中、十七中、十八中,黔境内的国立十四中,湘桂粤三省境内的国立十一中。1942年10月又在湖南芷江增设国立二十中。关于中学生费用负担,保育总会与教育部洽商决定保育会"负担中学生费用到初中一年级为止;从初中二年级以后,保育生的费用,便改由教育部负担"。另外,位于成都的上海私立光华大学附中也招收保育生,费用由川康盐务局负担。（新华网重庆频道）
